พิพิธภัณฑ์ชุมชนวัดดอนมูลก่อตั้งโดยวัดดอนมูล ตามดำริของพระครูสิรินันทวิทย์ เจ้าอาวาสวัดดอนมูล ที่ต้องการจะสร้างสถานที่เพื่อเก็บรวบรวมข้าวของเครื่องใชัทั้งของวัดดอนมูลเอง และของชุมชนไว้ให้เป็นที่ศึกษาเรียนรู้เกี่ยวกับบ้านดอนมูล โดยได้ใช้อาคารเก่าของโรงพยาบาลส่งเสริมสุขภาพตำบลบ้านดอนมูล-เจดีย์ ซึ่งตั้งอยู่ในพื้นที่ของวัด มาบูรณะเป็นอาคารพิพิธภัณฑ์ โดยได้รับการสนับสนุนจากองค์การบริหารการพัฒนาพื่อนที่พิเศษเพื่อการท่องเที่ยวอย่างยั่งยืน (องค์การมหาชน) หรือ อพท. ปัจจุบันทางวัดดอนมูลได้บริหารจัดการดูและร่วมกับชมรมส่งเสริมการท่องเที่ยวโดยชุมชนบ้านดอนมูล - ตำบลดู่ใต้