พิพิธภัณฑ์การศึกษา โรงเรียนวัฒโนทัยพายัพ ก่อตั้งเมื่อปี 2549 ในโอกาสครบรอบ 100 ปีการก่อตั้งโรงเรียน เพื่ออนุรักษ์และส่งเสริมศิลปวัฒนธรรมและงานภูมิปัญญาล้านนา และเป็นแหล่งเรียนรู้แก่ประชาชนทั่วไป โดยได้รับพระมหากรุณาธิคุณจากสมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา สยามบรมราชกุมารี เสด็จเป็นองค์ประธานเปิดพิพิธภัณฑ์ ภายในพิพิธภัณฑ์จัดแสดงเกี่ยวกับพระมหากษัตริย์ในราชวงศ์จักรีและเจ้าผู้ครองนครเชียงใหม่ เอกสารสำคัญทางประวัติศาสตร์ และสมุดบันทึกของโรงเรียน