พิพิธภัณฑ์วัดถ้ำมังกรทอง ก่อตั้งขึ้นราวปี 2544 โดยดัดแปลงศาลาทำบุญ ซึ่งเป็นศาลาไม้ทรงไทยชั้นเดียว มาทำเป็นพิพิธภัณฑ์ โดยความร่วมมือระหว่างวัดและเอกชนที่เช่าที่ขายของในบริเวณวัด โดยตั้งใจจะจัดแสดงเรื่องราวประวัติศาสตร์เกี่ยวกับเมืองกาญจนบุรี การสร้างทางรถไฟสายไทย-พม่า แต่เนื่องจากอาคารจัดแสดงทรุดโทรมและผุพังมาก ทางวัดจึงปิดเอาไว้ไม่ให้เข้าชม เนื่องจากเกรงอันตราย