สืบเนื่องจากโครงการโบราณคดีบนพื้นที่สูงในอำเภอปางมะผ้า จังหวัดแม่ฮ่องสอนนำทีมโดย รศ.ดร. รัศมี ชูทรงเดช เข้าไปสำรวจและขุดค้นทางโบราณคดีในพื้นที่หมู่บ้านบ้านไร่ ส่งผลให้ชาวบ้านในท้องที่เกิดความสนใจถึงกระบวนการศึกษาทางโบราณคดี และประวัติศาสตร์ของท้องถิ่น ผู้ใหญ่บ้าน ซัวหยี้ แซ่หัน จึงมีแนวคิดในการจัดตั้งพิพิธภัณฑ์ขึ้นภายในหมู่บ้าน โดยใช้อาคารอเนกประสงค์ซึ่งตั้งอยู่ใจกลางหมู่บ้านเป็นอาคารพิพิธภัณฑ์ ทั้งนี้ได้รับการสนับสนุนความรู้จากโครงการทางโบราณคดีฯ และกองทุนเอกอัครราชทูต เพื่อการอนุรักษ์วัฒนธรรม สถานทูตสหรัฐอเมริกา ประจำประเทศไทย ภายในพิพิธภัณฑ์ นำเรื่องราวทางประวัติศาสตร์และวัฒนธรรมของผู้คนในท้องถิ่น อีกทั้งยังเล่าเรื่องทั้งในอดีต ปัจจุบัน และสิ่งที่อาจเปลี่ยนแปลงไปในอนาคต ผ่านป้ายนิทรรศการ สิ่งของเครื่องใช้ที่จัดแสดงอยู่ภายใน ทั้งที่เป็นโบราณวัตถุจากการขุดค้น และเครื่องใช้ปัจจุบัน อาทิ แคนม้ง เครื่องตัดยาเส้น ตาชั่งยา ก๊อกแป หีบตีข้าว เป็นต้น ซึ่งได้รับบริจาคจากชาวบ้านในชุมชน โดยมีเยาวชนในชุมชนรับหน้าที่เป็นเจ้าบ้านน้อยเป็นผู้นำชมภายในพิพิธภัณฑ์ นอกจากการเข้าชมภายในพิพิธภัณฑ์แล้ว ผู้มาเยี่ยมเยือนสามารถเดินทางไปยังแหล่งโบราณคดีเพิงผาบ้านไร่ ซึ่งเป็นแหล่งโบราณสมัยก่อนประวัติศาสตร์ อายุประมาณ 10,600 – 9,700 ปีมาแล้ว