พิพิธภัณฑ์สมุนไพรอำนวยการจัดตั้งโดยรองศาสตราจารย์ เภสัชกรหญิงลัดดาวัลย์ บุญรัตนกรกิจ ภาควิชาเภสัชพฤกษศาสตร์ เมื่อปี พ.ศ. 2538  ในชื่อเดิมว่า “พิพิธภัณฑ์เครื่องยาไทยและประวัติเภสัชกรรมไทย” โดยมี Institute of Oriental Medicine Research, Toyama Medical and Pharmaceutical University ประเทศญี่ปุ่น เป็น sister institute ต่อมาได้มีการจัดสรรพื้นที่ชั้น 3 ของอาคารโอสถศาลา ให้ใช้เป็นพื้นที่ของพิพิธภัณฑ์สมุนไพรในปัจจุบัน และเปิดให้บริการอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 26 มีนาคม พ.ศ. 2544 มีเป้าหมายเพื่อเป็นแหล่งอ้างอิงและศึกษาหาความรู้ของผู้เรียนและผู้ที่สนใจ ภายในได้รวบรวมและจัดแสดงตัวอย่างสมุนไพรของไทยและต่างประเทศ รูปเคารพ ตำรายา เครื่องมือในการผลิตยาสมัยโบราณ ข้อมูลวิวัฒนาการในการผลิตและการใช้ยาของไทย และเรื่องราวเกี่ยวกับยาตั้งแต่สมัยโบราณจนถึงปัจจุบัน