สืบเนื่องจากพระปลัดสุวัฒน์ สุชีโว เจ้าอาวาสองค์ปัจจุบัน เป็นพระนักพัฒนา ท่านส่งเสริมงานด้านการศึกษาและปฏิสังขรณ์ศาสนสถานภายในวัด งานที่นับว่าเป็นการอนุรักษ์มรดกท้องถิ่นกำแพงแสนคือ ท่านได้เริ่มรวบรวมโบราณวัตถุต่าง ๆ ในท้องถิ่นและจัดตั้งพิพิธภัณฑ์วัดกำแพงแสนขึ้น ซึ่งประกอบด้วยโบราณวัตถุหลากหลายประเภท ทั้งเป็นโบราณวัตถุในท้องถิ่น คือ โบราณวัตถุสมัยทวารวดี และโบราณวัตถุอื่น ๆที่ผู้มีจิตศรัทธานำมาถวาย พิพิธภัณฑ์วัดกำแพงแสนจัดแสดงสิ่งของต่าง ๆ ไว้ในศาลาเอนกประสงค์ ซึ่งเป็นอาคารชั้นเดียว โดยจัดแสดงวัตถุไว้ในตู้กระจก ของที่จัดแสดงได้แก่ โบราณวัตถุสมัยทวารวดีจากเมืองโบราณกำแพงแสน ประกอบไปด้วยเศษประติมากรรมปูนปั้น และชิ้นส่วนสถาปัตยกรรม ภาชนะดินเผาสมัยต่างๆ ประกอบด้วยภาชนะดินเผาหลายสมัย เช่น สมัยบ้านเชียง หรือ เครื่องถ้วยต่างๆ เครื่องใช้ต่างๆ ในครัวเรือน เช่น เครื่องจักสาน และเครื่องทองเหลือง พระพุทธรูปและพระพิมพ์ เป็นของหลายยุคหลายสมัย เปลือกหอยทะเล เป็นเปลือกหอยขนาดใหญ่สวยงาม ซึ่งได้มาจากการขุดบ่อดินในบริเวณชุมชนกำแพงแสน