บริเวณวัดห้วยตะโกสันนิษฐานว่าเคยเป็นวัดเก่าแก่มาก่อน  ต่อมาพระครูสังฆรักษ์ไพบูลย์ กตปุญโญ เจ้าอาวาสองค์ปัจจุบัน ได้เข้ามาบูรณะปฏิสังขรณ์วัดห้วยตะโก ท่านมีความสนใจศิลปะเขมร ท่านจึงมีแนวคิดที่จะผสมผสานรูปแบบศิลปะดังกล่าวเข้ามาไว้ในวัด โดยเฉพาะอุโบสถหลังใหม่ที่กำลังก่อสร้าง ท่านได้แนวคิดมาจากบรรณาลัยของปราสาทหินพนมรุ้ง นอกจากนี้ท่านยังพยายามจะให้วัดห้วยตะโกเป็นศูนย์การเรียนรู้ของชุมชน มีมุมต่างๆ ที่ให้ความรู้ อาทิ เตาเผาสร้างอาชีพ ซึ่งเป็นมุมที่จัดเป็นสถานที่ผลิตอิฐเพื่อนำมาก่อสร้างโบสถ์องค์ปัจจุบัน มุมวาดลายไทย เป็นต้น
 

พิพิธภัณฑ์วัดห้วยตะโกได้เริ่มดำเนินการสร้างทีละจุดทีละมุมตามแต่งบประมาณที่จะอำนวย โดยในปี พ.ศ. 2542 เป็นปีที่วัดห้วยตะโกอายุครบ 20 ปี ท่านได้เปิดพิพิธภัณฑ์ท้องถิ่นขึ้น เป็นอาคารไม้ชั้นเดียว จัดห้องเป็นมุมต่าง ๆ ที่แสดงถึงวิถีชีวิตของคนท้องถิ่น แบ่งเป็นเรื่อง การทำนา การทำตาล เครื่องจักสาน เครื่องมือวัดตวงชั่ง เครื่องมือช่างไม้ ยาท้องถิ่น เพนียดคล้องช้าง
 

ต่อมาในปี 2543 ท่านได้สร้างมุมจัดแสดงขึ้นมาเพิ่มเติม เป็นกลุ่มศิลปกรรม จัดแสดงกลุ่มพระพุทธรูปเก่าแก่ของชุมชน เป็นพระพุทธรูปหินทรายศิลปะแบบอู่ทอง บางองค์ถูกขโมยตัดเศียรไป ใบเสมาหิน เป็นต้น โดยวางแสดงในอาคารเปิดโล่ง
 

อาคารอีกหลังหนึ่ง ภายในจัดแสดงนิทรรศการเรื่อง "ไตรรงค์ ไตรรัตน์: ชาติ ศาสนา พระมหากษัตริย์" โดยนิทรรศการดังกล่าวจัดทำแบบง่าย ๆ เรื่องที่นำเสนอมี 5 เรื่องหลัก ได้แก่
1) ชาติไทย นำเสนอเรื่องธงชาติไทย ตราประจำจังหวัด พระมหากษัตริย์ไทย
2) ครูไทย(ศิลปินแห่งชาติ) นำเสนอศิลปินไทยในสาขาต่าง ๆ
3) สามกษัตริย์ นำเสนอพระราชประวัติและพระราชกรณียกิจของรัชกาลที่ 4 รัชกาลที่ 5 และรัชกาลที่ 6
4) ตามเสด็จสู่โลกกว้าง เป็นมุมที่รวบรวมเรื่องราวการเสด็จพระราชดำเนินไปยังต่างประเทศของสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี
5) ไตรรัตน์ นำเสนอเรื่องราวพระพุทธ พระธรรม พระสงฆ์
 

ข้อมูลจาก: ข้อมูลจาก: 

สำรวจภาคสนาม วันที่ 30 กรกฎาคม 2547

ตรงใจ หุตางกูร. ข้อมูลพิพิธภัณฑ์ท้องถิ่นในจังหวัดนครปฐม ปี พ.ศ. 2546 ฉบับเนื้อหาโดยสังเขป. ศูนย์มานุษยวิทยาสิรินธร (เอกสารอัดสำเนา), 2546.