พิพิธภัณฑ์การแพทย์แผนไทย ริเริ่มโดยพ.ญ.เพ็ญนภา ทรัพย์เจริญ รองอธิบดี กรมพัฒนาการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือก ที่ต้องการกระตุ้นให้คนไทยหันมาสนใจงานแพทย์แผนไทยและภูมิใจในภูมิปัญญาไทย โดยมีหัวใจสำคัญคือการนำเสนอแก่นแท้ของภูมิปัญญา ปรัชญาการแพทย์พื้นบ้าน การแพทย์แผนไทยเพื่อให้คนเห็นเรียนรู้เข้าใจเรื่องราวตั้งแต่อดีตจนถึงปัจจุบัน และทิศทางในอนาคต อาคารพิพิธภัณฑ์เป็นอาคารทรงไทย 9 หลัง ออกแบบโดยศาสตราจารย์ ดร.ภิญโญ สุวรรณคีรี ศิลปินแห่งชาติสาขาทัศนศิลป์ ประกอบด้วย ห้องที่ 1 หอพระไภษัชคุรุไวทูรย ประภา แสดงให้เห็นความสัมพันธ์ระหว่างพระพุทธศาสนากับการแพทย์แผนไทย ห้องที่ 2 หอบรมครูการแพทย์แผนไทย เพื่อแสดงให้เห็นถึงพิธีไหว้ครู ห้องที่ 3 ห้องวิวัฒนาการการแพทย์แผนไทย ห้องที่ 4 ห้องภูมิปัญญาไทย ด้านแพทย์พื้นบ้าน 4 ภาค ห้องที่ 5 ห้องการนวดไทย แสดงประวัติความเป็นมาของการนวด ห้องที่ 6 ห้องอาหารไทย แสดงวัฒนธรรมการกินตามฤดูกาลและตามธาตุของคนไทยทั้ง 4 ภาค ห้องที่ 7 ห้องยา แสดงถึงหลักประการในการปรุงยา เครื่องยาและยาไทยประเภทต่างๆ ภายนอกอาคารมี "ถ้ำฤๅษีเขามอหรือถ้ำครูแผนไทย" ซึ่งจำลองมาจากวัดโพธิ์และปลูกสมุนไพรที่เป็นยาไว้บนเขาอีกด้วย โดยรอบอาคารแวดล้อมด้วยสวนสมุนไพร บางต้นเป็น "ต้นไม้พูดได้" ที่ผู้สนใจสามารถกดปุ่มเพื่อรับฟังข้อมูลเกี่ยวกับสมุนไพรชนิดนั้น ๆ