อาคารพิพิธภัณฑ์และศูนย์ฝึกอบรมการแพทย์แผนไทยเกิดจากความมุ่งมั่นและความใฝ่ฝันของพ.ญ.เพ็ญนภา ทรัพย์เจริญ รองอธิบดี กรมพัฒนาการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือกที่ต้องการกระตุ้นให้คนไทยหันมาสนใจงานแพทย์แผนไทยและภูมิใจในภูมิปัญญาไทย โดยมีหัวใจสำคัญคือการนำเสนอแก่นแท้ของภูมิปัญญา ปรัชญาการแพทย์พื้นบ้าน การแพทย์แผนไทยเพื่อให้คนเห็นเรียนรู้เข้าใจเรื่องราวตั้งแต่อดีตจนถึงปัจจุบัน และทิศทางในอนาคต นอกจากนั้นยังต้องการให้คนที่มาชมพิพิธภัณฑ์ เห็นความสัมพันธ์ของการนำไปใช้ในชีวิตจึงจัดให้มีการสาธิต ฝึกอบรม รวมถึงการรักษา และกรกินอาหารแบบไทย
 

อาคารทรงไทยแบบเครื่องก่อ 9 หลัง ออกแบบโดยศาสตราจารย์ ดร.ภิญโญ สุวรรณคีรี ศิลปินแห่งชาติสาขาทัศนศิลป์ พิพิธภัณฑ์การแพทย์แผนไทยประกอบด้วย ห้องที่ 1 หอพระไภษัชคุรุไวทูรย ประภา แสดงให้เห็นความสัมพันธ์ระหว่างพระพุทธศาสนากับการแพทย์แผนไทย หรือที่เรียกว่า "พุทธศาสน์การแพทย์" ห้องที่ 2 หอบรมครูการแพทย์แผนไทย เพื่อแสดงให้เห็นถึงพิธีไหว้ครู ห้องที่ 3ห้องวิวัฒนาการการแพทย์แผนไทย นับจากยุคก่อนสุโขทัยจึนถึงสมัยสุโขทัย อยุธยา สมัยกรุงรัตนโกสินทร์ ตั้งแต่รัชกาลที่ 1จนถึงรัชกาลปัจจุบัน ห้องที่ 4 ห้องภูมิปัญญาไทย ด้านแพทย์พื้นบ้าน 4 ภาค   ห้องที่ 5 ห้องการนวดไทย แสดงประวัติความเป็นมาของการนวด ห้องที่ 6ห้องอาหารไทย แสดงวัฒนธรรมการกินตามฤดูกาลและตามธาตุของคนไทยทั้ง 4 ภาค ห้องที่ 7 ห้องยา แสดงถึงหลักประการในการปรุงยา เครื่องยาและยาไทยประเภทต่างๆ
 

ภายนอกอาคารมี "ถ้ำฤๅษีเขามอหรือถ้ำครูแผนไทย" ซึ่งจำลองมาจากวัดโพธิ์และปลูกสมุนไพรที่เป็นยาไว้บนเขาอีกด้วย โดยรอบอาคารแวดล้อมด้วยสวนสมุนไพร บางต้นเป็น "ต้นไม้พูดได้" ที่ผู้สนใจสามารถกดปุ่มเพื่อรับฟังข้อมูลเกี่ยวกับสมุนไพรชนิดนั้น ๆ 
 

ข้อมูลจาก : แปลน รีดเดอร์ส. 100 พิพิธภัณฑ์กรุงเทพฯ-ปริมณฑล: โลกกว้างอยู่ไม่ไกล. กรุงเทพฯ : แปลนพริ้นติ้งแอนด์พับลิงชิ่ง, 2546. หน้า 98.