พิพิธภัณฑ์สมุนไพร กรมการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือก เป็นหน่วยงานในสังกัดสถาบันวิจัยการแพทย์แผนไทย กรมการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือก กระทรวงสาธารณสุข รวบรวมตัวอย่างสมุนไพรแห้งและดอง (herbarium specimens) ตัวอย่างเครื่องยา (crude drug collections) ประมาณ 5,000 หมายเลข จัดทําข้อมูลลักษณะทางพฤกศาสตร์จํานวน 120 ชนิด ภาพวาดลายเส้นสมุนไพรจํานวน 5 ตํารับ 72 ชนิด และเอกลักษณ์ โครมาโทรกราฟี แบบชั้นบางของสมุนไพร (TLC fingerprint) จํานวน 60 ชนิด นอกจากนี้ยังได้จัดทําระบบฐานข้อมูลตัวอยาง สมุนไพรออนไลน์ทางเว็บไซต์เพื่อเผยแพร่แก่ประชาชน นักวิจัย และผู้สนใจทัวไป ปัจจุบันพิพิธภัณฑ์สมุนไพร กรมการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือก มีตัวอย่างสมุนไพรมากกว่า 3,000 ชนิด 5,000 หมายเลข เป็นแหล่งศึกษา วิจัย สํารวจ รวบรวมตัวอย่างสมุนไพรที่ใช้ในตํารับยาแผนไทย สมุนไพรในบัญชียาหลักแห่งชาติ ยาสามัญประจําบ้าน สมุนไพรหายาก ใกล้สูญพันธุ์ ที่มีคุณค่าต่อการศึกษาวิจัยและมีคุณค่าทางเศรษฐกิจ โดยจัดเก็บในรูปแบบตัวอย่างพรรณไม้แห้ง ดอง และตัวอย่างเครื่องยา ตามรูปแบบพิพิธภัณฑ์พืชสากล จัดทํามาตรฐานและพิสูจน์เอกลักษณ์สมุนไพรด้วยวิธีการทางอนุกรมวิธานพืช (plant taxonomy) กายวิภาคศาสตร์ (plant anatomy) พฤกษเคมี (plant phytochemicals) และชีวโมเลกุลของพืช (plant molecular biology) เพื่อรองรับการอ้างอิงมาตรฐานสมุนไพรเพื่อการวิจัยด้านการแพทย์แผนไทยและสมุนไพรทั้งในและต่างประเทศ