สืบเนื่องจากการที่ ดร.เอช อาร์ แวน เฮเกอเร็น (H.R.Van Heekeren) นักโบราณคดีชาวฮอลันดา ถูกจับเป็นเฉลยศึก และถูกเกณฑ์มาสร้างทางรถไฟสายมรณะในสงครามโลกครั้งที่ 2 ได้พบเครื่องมือหินกะเทาะและขวานหินขัด ขณะทำงานอยู่บริเวณตำบลบ้านเก่า จังหวัดกาญจนบุรี เมื่อสงครามสงบจึงได้นำเครื่องมือหินที่พบกลับไปศึกษาวิเคราะห์ที่พิพิธภัณฑ์พีบอดี สหรัฐอเมริกา จนนำไปสู่การสำรวจขุดค้นทางโบราณคดี โดยนักโบราณคดีไทยและต่างประเทศ ในพื้นที่บ้านเก่า เป็นครั้งแรกเมื่อ พ.ศ.2499 หลังจากนั้นระหว่าง พ.ศ.2503- 2505 คณะสำรวจก่อนประวัติศาสตร์ โครงการความร่วมมือทางโบราณคดีระหว่างไทย- เดนมาร์ก ได้ทำการศึกษาขุดค้นทางโบราณคดีที่แหล่งโบราณคดีบ้านเก่า บริเวณที่ดินของนายลือ- นางบาง เหลืองแดง ริมแม่น้ำแควน้อย พบโบราณวัตถุสมัยก่อนประวัติศาสตร์จำนวนมาก ต่อมากรมศิลปากร จึงได้จัดตั้งพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ บ้านเก่า ขึ้น ในปีพ.ศ. 2508 ใกล้กับบริเวณแหล่งขุดค้น พิพิธภัณฑ์แห่งนี้ทำหน้าที่เก็บรวบรวมรักษา และจัดแสดงโบราณวัตถุสมัยก่อนประวัติศาสตร์ที่ได้จากการขุดค้นทางโบราณคดีที่แหล่งโบราณคดีบ้านเก่า และแหล่งโบราณคดีอื่นๆ ในจังหวัดกาญจนบุรี