พิพิธภัณฑ์บัว ตั้งอยู่ภายในมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลธัญบุรี ดำเนินการจัดตั้งในปี พ.ศ.2543 เป็นโครงการตามแนวพระราชดำริ สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี และได้เข้าร่วมโครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริฯ ในปี พ.ศ. 2546 เพื่อดำเนินการสำรวจเก็บรวบรวมพันธุ์บัว ปลูกรักษา ศึกษาการใช้ประโยชน์ และสร้างจิตสำนึกในการอนุรักษ์พันธุ์บัว ถือเป็นแหล่งรวบรวมพันธุ์บัว เพื่อการเรียนรู้ ศึกษา วิจัย การใช้ประโยชน์ด้านต่าง ๆ จากบัว และเป็นแหล่งท่องเที่ยวเชิญอนุรักษ์ ซึ่งปัจจุบันมีการบูรณาการมาใช้กับการเรียนการสอนในหลายคณะวิชาของมหาวิทยาลัย และมีการจัดกิจกรรมร่วมกับหน่วยงานเอกชน และส่วนราชการต่าง ๆ ของจังหวัดปทุมธานี แรกเริ่มได้รวบรวมพันธ์บัวเพียง 40 สายพันธุ์ ปัจจุบันมีพันธุ์บัวมากกว่า 100 สายพันธุ์ มีทั้งบัวหลวง บัวผัน บัวสาย บัวฝรั่ง บัววิกตอเรีย และบัวพันธุ์ไทยหายาก