พิพิธภัณฑ์หลวงปู่ดู่ พรหมปัญญา ตั้งอยู่ที่วัดสะแก เกิดขึ้นสืบเนื่องจากการมรณภาพของหลวงปู่ดู่ ทางคณะศิษย์จึงได้หารือกันเพื่อจะสร้างพิพิธภัณฑ์เพื่อเป็นอนุสรณ์สถานถึงคุณงามความดีของท่าน โดยได้มีพิธีวางศิลาฤกษ์เมื่อปี 2538 โดยมีหลวงปู่เจี๊ยะ จุนโท เจ้าอาวาสวัดป่าภูริทัตตปฏิปทาราม เป็นประธานในพิธี และในปี 2548 สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา สยามบรมราชกุมารี เสด็จเป็นองค์ประธานในพิธีเปิด โดยภายในพิพิธภัณฑ์ประดิษฐานอัฐิธาตุ จัดแสดงเครื่องอัฐบริขารของหลวงปู่ดู่ พระพุทธรูป รูปปั้นคณาจารย์ พระเครื่องพระบูชา แหวนมงคล เครื่องราง และวัตถุมงคลต่าง ๆ