ศาลเจ้าปุนเถ้ากง หรือ ศาลเจ้ากลาง เป็นศาลเจ้าเก่าแก่ที่สุดในสมุทรสาคร เดิมตั้งอยู่ข้างวัดใหญ่จอมปราสาทหรือบ้านท่าจีน ต่อมาย้ายมาสร้างที่ริมแม่น้ำท่าจีน เขตตำบลท่าฉลอม สร้างเป็นศาลไม้สักหลังคามุงจากในปี พ.ศ.2382 แต่สันนิษฐานว่าศาลเดิมอาจจะสร้างมาก่อนหน้านั้น ต่อมาในปี พ.ศ.2456 ปรับปรุงเป็นศาลปูน หลังคามุงกระเบื้อง เสา ขื่อแปด้วยด้วยไม้สัก มีการซ่อแซมในปี พ.ศ.2515 และมีการสร้างรั้วและซุ้มประตูเพิ่มในปี พ.ศ.2528 ศาลเจ้าแห่งนี้ถือเป็นสิ่งศักดิ์สิทธิ์แรกๆของชาวจีนโพ้นทะเลในท่าฉลอม เทพเจ้าสำคัญในศาลประกอบด้วย เจ้าพ่อปุนเถ้ากง (องค์ประธาน) ชาวจีนแต้จิ๋วในไทยเชื่อว่าเจ้าพ่อปุนเถ้ากงเป็นเจ้าที่และเทพแห่งการเดินเรือ นอกจากนั้นยังมี เจ้าพ่อเจ้งอุ่ยจูซิ๊ง เจ้าพ่อหน่ำซิ๊งปักเต้า เจ้าพ่อช่างตายี่กง เจ้าแม่ทับทิม และรูปจำลองเจ้าพ่อหลักเมือง ภายในศาลจะมีภาพเก่าสมัยรัชกาลที่ 5 เมื่อเสด็จมาเยือนท่าฉลอมและเปิดถนนถวายในปี พ.ศ.2448 วันเกิดเจ้าพ่อปุนเถ้ากงคือวันที่ 26 กุมภาพันธ์ จะมีการแสดงงิ้วถวายเจ้าพ่อ รวมทั้งในช่วงเทศกาลกินเจจะมีการจัดงานเทกระจาดในช่วงเดือนตุลาคม แจกข้าวสารอาหารแห้งให้กับคนยากจน

ศาลเจ้าแม่พระโพธิสัตย์กวนอิม ตั้งอยู่ในตำบลท่าฉลอมตรงข้ามกับวัดสุทธิวาตวราราม (วัดช่องลม) สร้างขึ้นในปี พ.ศ.2539 (สมัยพระครูสุทธิธรรมสาคร เจ้าอาวาสวัดช่องลม) ที่ดินสำหรับสร้างศาลได้รับการบริจาคจากนางเรียม ลือประเสริฐ และนายจำรูญ จันทรภักดี ปัจจุบันวัดช่องลมเป็นผู้ดูแล บริเวณศาลจะมีรูปปั้นเจ้าแม่กวนอิมสูง 9.98 เมตร และมีอาคารผนังหินอ่อนประดิษฐานรูปปั้นและภาพเขียนเจ้าแม่กวนอิม บริเวณด้านข้างศาลจะมีโรงทานใช้เป็นที่บริจาคอาหารเจให้กับผู้ที่มาถือศีลทำบุญ บริเวณลานด้านหน้าศาลจะมีแท่นวางรูปเคารพ ได้แก่ พระสังกัจจายน์และพระพุทธรูปปางนาคปรก ด้านหน้าแทนจะมีบทสวดมนต์บูชาเจ้าแม่กวนอิม ซุ้มประตูทางเข้าศาลจะมีข้อความเขียนว่า “ให้โชคดีมีชัย กลับไปร่ำรวย” ผู้ที่มากราบไหว้บูชาและขอพรเจ้าแม่จะนิยมถวายธูปขนาดเล็กและใหญ่ ธูปมังกร โคมไฟ โพธิ์เงินโพธิ์ทองและสร้อยมุก และทำบุญด้วยการบริจาคข้าวสาร ศาลเจ้าแม่กวนอิมมีงานนมัสการประจำปีในเดือนพฤศจิกายน ซึ่งจะมีการมอบทุนการศึกษาให้กับนักเรียน และแจกข้าวสารให้กับผู้ยากไร้

ศาลเจ้าพ่อกวนอู ตำบลท่าฉลอม มีอายุนานกว่าร้อยปี ชาวจีนท่าฉลอมนับถือบูชาเจ้าพ่อกวนอูในฐานะเป็นเทพเจ้าแห่งความซื่อสัตย์ ความกตัญญู ความจงรักภักดี และคุณธรรม ชาวจีนโพ้นทะเลที่เข้ามาตั้งรกรากในท่าฉลอมได้นำคติความเชื่อนี้มาใช้โดยกลุ่มผู้ชายที่ทำงานเป็นกรรมกรรับจ้าง แบกหาม ขุดดิน และงานก่อสร้าง ได้สร้างกลุ่มหรือสมาคม (อั้งยี่) ของตัวเองโดยใช้ชื่อว่าสมาคมสามัคคีธรรมภาวนา ซึ่งความจงรักภักดีภายในกลุ่มถือว่าเป็นสิ่งสำคัญ สมาชิกจะต้องทำพิธีสาบานตนเป็นพี่น้องกันและซื่อสัตย์ต่อกัน เจ้าพอ่กวนอูจึงถูกนำมาใช้เป็นสัญลักษณ์ของกลุ่ม ซึ่งทำให้สมาชิกรู้สึกเป็นพวกเดียวกันและช่วยเหลือกัน สิ่งศักดิ์สิทธิ์ภายในศาลประกอบด้วย เจ้าพ่อกวนอู (องค์ประธาน) ช่วยส่งเสริมการค้าให้เจริญรุ่งเรือง ประสบความสำเร็จ ร่ำรวย เจ้าแม่ทับทิม(บริวารด้านขวา) ช่วยส่งเสริมให้ครอบครัวมีความสุข และมีเงินทอง และโหงวโจ๊ (บริวารด้านซ้าย) ช่วยให้สุขภาพแข็งแรง

ศาลเจ้าพ่อกิมทังตั้งอยู่ในหมู่บ้านประมงหมู่ 7 ต.กาหลง มีอายุนานกว่า 100 ปี ในอดีตเป็นศาลเจ้าเล็กๆ ตั้งอยู่ริมทะเล ต่อมาเพื่อชายฝั่งทะเลถูกคลื่นเซาะ แผ่นดินพังลง จึงย้ายเข้าไปในแผ่นดินและสร้างศาลใหม่เป็นอาคารปูนรูปทรงจีน สิ่งศักดิ์สิทธิ์ในศาลเจ้าประกอบด้วย เจ้าพ่อกิมท้ง (องค์ประธาน) ในคติจีนเชื่อว่ากิมท้งเป็นพระกุมารของพระโพธิสัตว์กวนอิม ข้างๆเจ้าพ่อกิมท้งจะมีรูปเจ้าแม่กวนอิมประดิษฐานอยู่ คำว่า “ท้ง” แปลว่า เด็กชาย คำว่า “กิม” แปลว่า ทอง กิมท้งจึงหมายถึงเด็กชายทองคำ นอกจากนั้นยังมีเจ้าพ่อเห่งเจีย เจ้าพ่อกวนอู เจ้าพ่อเสือ ไฉ่ซิ่งเอี๊ยะ(เจ้าพ่อเงินตรา) ไท้ส่วยเอี้ย (เทพแห่งดาวนพเคาระห์) เง็กนึ่ง (ธิดาพญามังกร) และฮุกโจวกง

ศาลเจ้าพ่อปากคลอง อยู่ตรงข้ามกับวัดกำพร้า ปากคลองพิทยาลงกรณ์ ตัวศาลสร้างด้วยปูนหลังคาสังกะสีทรงไทยหน้าจั่ว กว้างประมาณ 2 เมตร ภายในศาลมีรูปปั้นตายาย หัวกะโหลกจระเข้ ตุ๊กตานางรำและรูปปั้นช้าง ชาวบ้านจะจัดพิธีไหว้เจ้าพ่อในช่วงสงกรานต์

ศาลเจ้าพ่อมัจฉาณุ ตั้งอยู่ที่บ้านรางโคกขาม ต.พันท้ายนรสิงห์ ไม่ทราบปีที่สร้างแน่ชัด แต่มีอายุนานกว่า 100 ปี แต่เดิมเป็นศาลเล็กๆ ต่อมาเพื่อน้ำทะเลกัดเซาะชายฝั่งจึงย้ายเข้าไปสร้างใหม่ ห่างจากที่เดิม ประมาณ 1 กิโลเมตร เจ้าพ่อมัจฉาณุเป็นลูกหนุมาน ที่มีรูปร่างผสมระหว่างลิงกับปลา เป็นสิ่งศักดิ์สิทธิ์ของชาวไทยเชื้อสายจีนที่มาตั้งถิ่นฐานและทำอาชีพประมงบริเวณนี้ เวลาชาวบ้านจะออกไปจับปูจับปลาในทะเลจะมาขอพรให้เจ้าพ่อคุ้มครองอันตรายและช่วยให้จับปลาได้จำนวนมาก รวมทั้งขอให้ช่วยค้าขาย และรักษาโรคภัยไข้เจ็บ ในอดีตชาวจีนที่เข้ามาอาศัยบริเวณนี้ ต้องพึ่งธรรมชาติ หาปูหาปลาและแจวเรือนำไปแลกข้าว เอาไปขายที่มหาชัย และกรุงเทพฯ ปัจจุบันสัตว์ทะเลน้อยลง ชาวบ้านก็ทำวังกุ้ง เลี้ยงปูเลี้ยงหอยและนำไปขายภายในศาลเจ้ายังมีสิ่งศักดิ์สิทธิ์อื่นๆ ได้แก่ เจ้าแม่กวนอิม กุมารทอง พระพุทธรูป พระแก้วมรกต ชาวบ้านจะจัดพิธีเซ่นไหว้เจ้าพ่อในช่วงเดือนธันวาคม จะมีการเข้าทรงเจ้าพ่อและการลุยไฟ ชาวบ้านจะนำเครื่องเซ่นมาไหว้ ได้แก่ ขนมต้มแดงต้มขาว ขนมเปี๊ยะ ทับทิม สาลี มะพร้าว กล้วย และ ส้ม ปัจจุบันศาลตั้งอยู่ในที่ดินของเจ้าของร้านอาหารครัวมัจฉาณุ ซึ่ง อ.บ.ต.พันท้ายนรสิงห์เข้ามาส่งเสริมให้เป็นแหล่งดูปลาโลมา บริเวณหน้าศาลจึงถูกพัฒนาให้เป็นลานปูนกว้างสำหรับนักท่องเที่ยว

ศาลเจ้าพ่อหลักเมืองสมุทรสาคร อยู่ในตำบลมหาชัย ซึ่งมีพัฒนาการเปลี่ยนแปลงเป็น 3 ช่วงเวลา คือ  (1) ยุคเทพเจ้าจอมเมือง ศาลเจ้าพ่อเป็นแผ่นไม้โพธิ์ สูงประมาณ 1 เมตร แกะสลักเป็นรูปเทวดา หัตถ์ขวายกประทานพร หัตถ์ซ้ายถือพระขรรค์ คล้ายองค์พระสยามเทวาธิราช อยู่ในท่าประทับยืนบนเกี้ยวมีกุมารน้อย 2 คน เป็นบริวารอยู่ด้านข้าง (สมัยอยุธยาถึงรัชกาลที่ 6) (2) ยุคเจ้าพ่อหลักเมืองแบบราชการราวปี พ.ศ. 2460-2461 (รัชกาลที่ 6) มีการปรับปรุงศาลเป็นอาคารทรงไทย ในสมัยพระยาสาครคณาถิรักษ์ เจ้าเมืองสมุทรสาคร โดยร่วมมือกับหลวงอนุรักษ์นฤผดุง นายอำเภอเมืองสมุทรสาคร ขุนสมุทรมณีรัตน์ (เม่งฮะ หรือ มิ่ง มณีรัตน์) กำนันตำบลท่าฉลอม ขุนเชิดมหาชัย และนายยงกุ่ย หทัยธรรม เป็นผู้นำในการบริจาคเงินส่วนตัวและรวบรวมเงินบริจาคจากชาวบ้านมาสร้างศาลใหม่ (3) ยุคเจ้าพ่อแบบวัฒนธรรมจีน (พ.ศ.2524 –ปัจจุบัน) ในปี พ.ศ. 2524 ผู้ว่าราชการจังหวัดสมัยนั้นได้ให้มีการสร้างศาลหลักเมืองแห่งใหม่ขึ้นด้านหลังศาลหลักเมืองสมุทรสาครหลังเดิม และได้อัญเชิญเจ้าพ่อหลักเมืองไปประดิษฐาน ณ ที่เดียวกัน โดยได้รื้อศาลเจ้าพ่อหลักเมืองทิ้ง แต่ชาวบ้านไม่พอใจและลงความเห็นว่าควรจะสร้างศาลใหม่ขึ้นในที่เดิม จากนั้นจึงมีการระดมทุนจากชาวบ้านเพื่อสร้างศาลใหม่ตามรูปทรงสถาปัตยกรรมจีนในปี พ.ศ.2525 และได้อัญเชิญเจ้าพ่อลงมาประดิษฐานยังศาลที่สร้างขึ้นใหม่ ทั้งชาวประมง ชาวจีน และชาวบ้านต่างศรัทธาในเจ้าพ่อ เมื่อมีเรื่องเดือดร้อนมักจะมาขอให้เจ้าพ่อช่วย ถ้าได้สมดังคำขอก็จะมาแก้บนด้วยฝิ่นและนำไปป้ายที่ปากเจ้าพ่อ

ศาลเจ้าแม่เมืองสมุทร ก่อสร้างเมื่อปี พ.ศ.2542 ตั้งอยู่หน้าโบสถ์ ภายในวัดสุทธิวาตวรารามหรือช่องลม ต.ท่าฉลอม ภายในศาลมีสิ่งศักดิ์สิทธิ์สำคัญคือเจ้าแม่ทับทิม (องค์ประธาน) รวมทั้งเทพเจ้าบริวารได้แก่ แป๊ะกง ตี่จั่งอ๊วงผ่อสัก (พระกษิติครรภโพธิสัตว์ หมายถึงขุมทรัพย์และบ่อเกิดแห่งแผ่นดิน) และใช้ซิ้งเอี๊ย (เจ้าพ่อเงินตรา)