ถ้ำจาม ตั้งอยู่เขางู ต.เกาะพลับพลา อ.เมืองราชบุรี จ.ราชบุรี ภายในถ้ำมีภาพศิลปกรรมสมัยทวารวดี (อายุราวพุทธศตวรรษที่ 12-14) บนผนังทุกด้าน โดยเฉพาะภาพตอนเสด็จสู่ปรินิพพาน ซึ่งอาจกล่าวได้ว่าเป็นพระพุทธรูปปางปรินิพพานที่เก่าแก่ที่สุดในประเทศไทย
ถ้ำจีน ตั้งอยู่ในเขางู ต.เกาะพลับพลา อ.เมืองราชบุรี จ.ราชบุรี พบภาพสลักนูนต่ำพระพุทธรูป 2 องค์ สมัยทวารวดี (พุทธศตวรรษที่ 12-14) แต่ต่อมาถูกดัดแปลงโดยพอกทับด้วยปูนปั้นในสมัยอยุธยา (พุทธศตวรรษที่ 22-23) นอกจากนี้ยังพบชิ้นส่วนพระพุทธรูปหินทรายแดงสมัยอยุธยาเป็นจำนวนมาก
ตั้งอยู่ที่เขางู ต.เกาะพลับพลา อ.เมืองราชบุรี จ.ราชบุรี บนผนังถ้ำทางด้านทิศใต้มีภาพจำหลักรูปพระพุทธรูปไสยาสน์ขนาดใหญ่ สมัยทวารวดี พุทธศตวรรษที่ 11-12 รายล้อมไปด้วยภาพปูนปั้นลายเทพชุมนุมที่สร้างขึ้นในสมัยหลัง คือสมัยอยุธยา-รัตนโกสินทร์
เป็นหนึ่งในถ้ำของเขางู ต.เกาะพลับพลา อ.เมืองราชบุรี จ.ราชบุรี ในคูหาใหญ่ (หรือเรียกกันว่าถ้ำฤๅษี) ที่ผนังถ้ำมีภาพสลักนูนต่ำพระพุทธรูปประทับห้อยพระบาทสมัยทวารวดี สูงประมาณ 2.5 เมตร พระหัตถ์ขวาแสดงปางแสดงธรรมเทศนา (วิตรรกะมุทรา) ระหว่างข้อพระบาททั้ง 2 ข้าง มีจารึกอักษรปัลลวะตอนปลาย ภาษาสันสกฤต รูปแบบอักษรเป็นแบบที่นิยมใช้ในอินเดียใต้ในช่วงราวพุทธศตวรรษที่ 12
ตั้งอยู่ ต.เกาะพลับพลา อ.เมืองราชบุรี จ.ราชบุรี ภายในเทือกเขางูมีถ้ำหินปูนจำนวนมาก ถ้ำเหล่านี้ถูกใช้เป็นศาสนสถานในศาสนาพุทธ นิกายเถรวาท มาตั้งแต่สมัยทวารวดี ราวพุทธศตวรรษที่ 11-12 จนกระทั่งปัจจุบัน แหล่งโบราณคดีสำคัญ ได้แก่ ถ้ำฤๅษี ถ้ำฝาโถ ถ้ำจีน ถ้ำจาม และถ้ำระฆัง ที่ปรากฏหลักฐานทางโบราณคดีสมัยทวารวดีและสมัยอยุธยา รอยพระพุทธบาทสมัยอยุธยาที่ประดิษฐานบนยอดเขางู รวมทั้งจารึกพระปรมาภิไธยย่อ ๑๑๘ จปร. ที่สลักอยู่บริเวณปากถ้ำระฆังหรือถ้ำค้างคาว
ต.สองพี่น้อง อ.แก่งกระจาน จ.เพชรบุรี พบหลักฐานของการใช้พื้นที่เพื่อประกอบพิธีกรรมฝังศพของคนยุคก่อนประวัติศาสตร์ ในสังคมเกษตรกรรมที่มีการใช้เครื่องมือหินขัดและภาชนะดินเผา
ต.ห้วยแม่เพรียง อ.แก่งกระจาน จ.เพชรบุรี เป็นที่อยู่อาศัยหรือที่พักพิงชั่วคราวของคนในสมัยหินใหม่ (ราว 6,000-4,000 ปีมาแล้ว) หลักฐานสำคัญที่พบ เช่น เครื่องมือหินขัด ชิ้นส่วนเครื่องประดับที่ทำจากกระดูกสัตว์หรือเขาสัตว์ เศษภาชนะดินเผาเนื้อดิน เป็นต้น
ตั้งอยู่ ม.7 บ้านดอน ต.นายาง อ.ชะอำ ภายในถ้ำบนเขาตาจีน พบอิฐขนาดใหญ่ มีแกลบข้าวผสมมาก คล้ายอิฐแบบทวารวดี สันนิษฐานว่าในอดีตอาจมีโบราณสถานที่ก่อด้วยอิฐอยู่ภายในถ้ำ แต่ปัจจุบันถูกทำลายจนไม่เหลือสภาพแล้ว
ตั้งอยู่ในอุทยานแห่งชาติออบหลวง เขตติดต่อระหว่าง อ.ฮอด และ อ.จอมทอง จ.เชียงใหม่ เป็นแหล่งโบราณคดีในภาคเหนือแห่งแรกที่พบหลักฐานเกี่ยวกับสำริดและโลหวิทยา และยังพบหลักฐานที่เก่าไปถึงสมัยหินกลางและหินใหม่
แหล่งโบราณคดียุคก่อนประวัติศาสตร์ใน ต.ไทรโยค อ.ไทรโยค จ.กาญจนบุรี เป็นแหล่งโบราณคดีที่มีการขุดค้นอย่างเป็นระบบแหล่งแรก ๆ ของไทย โดยคณะสำรวจไทย-เดนมาร์ก ระหว่างปี 2503-2505
ถ้ำศิลป์ ตั้งอยู่บ้านบันนังลูวา ต.หน้าถ้ำ อ.เมืองยะลา จ.ยะลา ปรากฏหลักฐานทางโบราณคดียุคก่อนประวัติศาสตร์ทั้งภาพเขียนบนผนังถ้ำ เศษภาชนะดินเผา เครื่อมือหินขัด ลูกปัดเปลือกหอย อายุราว 3,000 ปีมาแล้ว และศิลปกรรมบนผนังถ้ำยุคประวัติศาสตร์ สมัยศรีวิชัย-สมัยสุโขทัย
เขายะลา อยู่ใน ต.ลิดล และ ต.ยะลา อ.เมืองยะลา จ.ยะลา พบหลักฐานทางโบราณคดียุคก่อนประวัติศาสตร์ในถ้ำและเพิงผาหลายแห่งบนเขายะลา โดยเฉพาะภาพเขียนสี ทั้งเขียนด้วยสีแดงและสีดำ นอกจากนั้นยังพบชิ้นส่วนกะโหลกมนุษย์ เศษภาชนะดินเผา เครื่องมือหินกะเทาะ ขวานหินขัด ดินสีแดง ที่อาจใช้สำหรับสร้างผลงานบนผนังถ้ำ อายุของแหล่งโบราณคดีราว 3,000-2,000 ปีมาแล้ว เป็นต้นมา
ตั้งอยู่ที่ บ้านจำปุย ต.บ้างดง อ.แม่เมาะ จ.ลำปาง พบภาพเขียนสียุคก่อนประวัติศาสตร์กระจายอยู่หลายกลุ่มเป็นระยะๆ รวมแล้วมากกว่า 1,872 ภาพ และพบหลุมฝังศพของคนก่อนประวัติศาสตร์ ในสมัยหินใหม่ เมื่อ 2,900-3,200 ปีมาแล้ว
ต.นาปู่ป้อม อ.ปางมะผ้า จ.แม่ฮ่องสอน อยู่ในยุคก่อนประวัติศาสตร์ ราว 11,000 ปีมาแล้ว เป็นต้นมา พบหลักฐานทางโบราณคดีทั้งเครือมือหินแบบ Hoabinhian เครื่องมือสะเก็ดหิน เครื่องมือหินขัด เศษภาชนะดินเผา ซากพืช ซากสัตว์ โลงไม้ ซึ่ง Chester Gorman เคยระบุว่าเป็นแหล่งที่พบภาชนะดินเผาและร่องรอยการเพาะปลูกที่เก่าที่สุดในประเทศไทย
ตั้งอยู่ภายในพื้นที่ศูนย์ศึกษาธรรมชาติและสัตว์ป่าถ้ำน้ำลอด หมู่บ้านถ้ำลอด ต.ถ้ำลอด อ.ปางมะผ้า จ.แม่ฮ่องสอน บริเวณเพิงผาถ้ำลอดมีคนเข้ามาใช้พื้นที่ตั้งแต่สมัยไพลสโตซีนตอนปลายจนถึงโฮโลซีนตอนต้น (ประมาณ 30,000-10,000 ปีมาแล้ว) หลักฐานที่สำคัญได้แก่ หลุมฝังศพมนุษย์ที่ถูกฝังอยู่ในท่านอนงอเข่า อายุกว่า 13,000 ปีมาแล้ว
ตั้งอยู่ ม.8 บ้านหนองครก ต.หนองปรือ อ.รัษฎา จ.ตรัง พบหลักฐานทางโบราณคดีของมนุษย์ยุคก่อนประวัติศาสตร์สมัยหินใหม่ อายุราว 2,000-3,000 ปี โดยหลักฐานที่สำคัญคือหม้อ 3 ขา และขวานหินขัด
วัดถ้ำผาปู่ ม.9 บ้านนาอ้อ ต.นาอ้อ อ.เมืองเลย จ.เลย หลักฐานทางโบราณคดีที่สำคัญคือ ภาพเขียนสีแดงยุคก่อนประวัติศาสตร์ โดยเฉพาะภาพสามเหลี่ยมทึบ 2 รูปต่อมุมกัน คล้ายนาฬิกาทราย นอกจากนี้ ภายในวัดยังเป็นที่ตั้งของพิพิธภัณฑ์หลวงปู่คำดี ปภาโส พระเถระรูปสำคัญที่มีส่วนสำคัญในการพัฒนาวัด
วัดถ้ำผาบิ้ง ม.2 บ้านนาแก ต.ผาบิ้ง อ.วังสะพุง จ.เลย สิ่งสำคัญของวัดคือ รอยพระพุทธบาทบนเพดานถ้ำ ซึ่งได้รับการขึ้นทะเบียนโบราณสถานในปี 2478 นอกจากนี้ ภายในวัดยังมีเจดีย์พิพิธภัณฑ์ (เจดีย์พิพิธภัณฑ์หลวงปู่หลุย จันทสาโร) ที่สร้างขึ้นเพื่อระลึกถึงพระอาจารย์หลุย จันทสาโร